Pada kenyataanya nisbah toritis peluang diperolehnya suatu hasil percobaan tidak selalu terpenuhi. Penyimpangan (deviasi) bukan hanya sekedar modifikasi dari proses persilangan namun gejala tersebut memungkinkan untuk terjadi karena factor-faktor lain dalam sebuah interaksi genetika. Khi Square Test  adalah uji statistic yang digunakan untuk menentukan peluang diperolehnya apakah hasil observasi tersebut berbeda atau tidak dengan nilai harapan (nisbah teoritis yang diharapkan) dengan menggunakan  hipotesis tertentu. Uji  dapat diperoleh dengan rumus sebagai berikut :

O adalah nilai  kuantitatif  hasil percobaan

E adalah nilai  harapan nisbah peluang diperolehnya suatu hasil percobaan.

Rumus tersebut dapat digunakan dengan ketentuan bahwa sample harus diambil secara acak dari sebuah  populasi dan variable yang diukur pun harus independent (bebas). Hasil perhitungan   total (X2h) selanjutnya dibandingkan dengan table . Apabila hasil perhitungan X2h lebih besar daripada tabel  (X2t) maka hipotesis ditolak artinya hasil percobaan yang kita peroleh sesuai dengan  nisbah yang diperoleh secara teoritis.

Suatu persilangan antara sesama individu  dihibrid (AaBb) menghasilkan keturunan yang terdiri atas empat macam fenotipe, yaitu A-B-, A-bb, aaB-, dan aabb masing-masing sebanyak 315, 108, 101, dan 32.  Untuk menentukan bahwa hasil persilangan ini masih memenuhi nisbah teoretis dihibrid ( 9 : 3 : 3 : 1 ) atau menyimpang dari nisbah tersebut perlu dilakukan suatu pengujian secara statistika.

Untuk melakukan uji X2 terhadap hasil percobaan seperti pada contoh tersebut di atas, terlebih dahulu dibuat tabel sebagai berikut.

Pada tabel tersebut di atas dapat dilihat bahwa hsil percobaan dimasukkan ke dalam kolom O sesuai dengan kelas fenotipenya masing-masing. Untuk memperoleh nilai  (hasil yang diharapkan), dilakukan perhitungan menurut proporsi tiap kelas fenotipe.  Selanjutnya nilai d (deviasi) adalah selisih antara O dan E.  Pada kolom paling kanan nilai d dikuadratkan dan dibagi dengan nilai E masing-masing, untuk kemudian dijumlahkan hingga menghasilkan nilai X2h atau X2 hitung.  Nilai X2h inilah yang nantinya akan dibandingkan dengan nilai X2 yang terdapat dalam tabel X2 (disebut nilai X2tabel ) yang disingkat menjadi X2t.  Apabila X2h lebih kecil daripada X2t dengan peluang tertentu (biasanya digunakan nilai 0,05), maka dikatakan bahwa hasil persilangan yang diuji masih memenuhi nisbah Mendel. Sebaliknya, apabila X2h lebih besar daripada X2t, maka dikatakan bahwa hasil persilangan yang diuji tidak memenuhi nisbah Mendel pada nilai peluang tertentu (biasanya 0,05).

Adapun nilai X2t yang akan digunakan sebagai pembanding bagi nilai X2h dicari dengan cara sebagai berikut.  Kita tentukan terlebih dahulu nilai derajad bebas (DB), yang merupakan banyaknya kelas fenotipe dikurangi satu. Jadi, pada contoh di atas nilai DB nya adalah 4 – 1 = 3. Selanjutnya, besarnya nilai DB ini akan menentukan baris yang harus dilihat pada tabel X2.  Setelah barisnya ditentukan, untuk mendapatkan nilai X2t pembanding dilihat kolom peluang 0,05.  Dengan demikian,  nilai X2t pada contoh tersebut adalah 7,815.  Oleh karena nilai X2h (0,470) lebih kecil daripada nilai X2t (7,815), maka dikatakan bahwa hasil persilangan tersebut masih memenuhi nisbah Mendel.