GEL ELEKTROFORESIS

Elektroforesis berasal dari kata elektro yang artinya aliran listrik dan phoresis yakni membawa seluruh, jadi elektroforesis adalah studi tentang pergerakan partikel bermuatan dibawah pengaruh arus listrik. Sihingga dapat disebut teknik yang digunakan untuk memisahkan dan kadang memurnikan makromolekul khususnya protein dan asam nukleat yang berbeda ukuran, muatan atau bentuknya.

Gel ElektrophoresisGel elektrophoresis adalah teknik yang digunakan untuk memisahkan DNA, RNA, atau protein menggunakan medan listrik yang diterapkan pada bahan gel. Ketika molekul bermuatan ditempatkan di medan listrik, mereka bermigrasi ke arah kutub positif atau negatif tergantung dengan muatan mereka

Asam nukleat memiliki muatan negatif yang konsisten yang diberikan oleh phosphate backbone sehingga bisa berpindah dari katoda (-) ke  anoda (+), sedangkan protein dapat memiliki muatan positif atau negatif.

Photo-0004 Photo-0005 Photo-0007

Prinsip Kerja gel elektroforesis dapat dilihat pada video di bawah ini :

Running PCR
Polymerase Chain Reaction (PCR) atau reaksi berantai polimerase adalah metode enzimatis untuk melipatgandakan (amplification) secara eksponensial suatu sekuen nukleotida tertentu secara in vitro. Metode ini ditemukan oleh Kary B. Mullis pada tahun 1985, seorang saintis dari perusahaan CETUS Corporation. Metode PCR ini pada awalnya hanya digunakan untuk melipatgandakan molekul DNA, akan tetapi dalam perkembangannya dapat digunakan untuk melipatgandakan molekul mRNA.

Metode PCR dapat melipatgandakan (amplification) suatu fragmen molekul DNA menjadi molekul DNA (110 bp/5×10-19) sebesar 200.000 kali setelah dilakukan 20 siklus reaksi selama 220 menit. Kelebihan dari metode PCR adalah DNA cetakan yang digunakan juga tidak perlu dimurnikan terlebih dahulu sehingga metode PCR dapat digunakan untuk melipatgandakan suatu sekuen DNA dalam genom bakteri hanya dengan mencampurkan kultur bakteri di dalam tabung PCR.

Penggunaan metode PCR diperlukan empat komponen utama, yakni (1) DNA cetakan, (2) oligonukleotida primer, (3) deosiribonukleotida trifosfat (dNTP) yang terdiri dari dATP, dCTP, dGTP, dTTP, dan (4) enzim polimerase yang digunakan untuk mengkatalis reaksi sintesis rantai DNA.

Proses PCR terdiri dari tiga tahap, yakni denaturasi, penempelan (annealing), dan amplifikasi. Pada tahap denaturasi, suatu fragmen DNA (duoble strand) dipanaskan pada suhu 95 0C selama 1-2 menit sehingga akan terpisah menjadi rantai tunggal (single strand). Kemudian dilakukan penempelan (annealing) pada suhu 55 0C selama 1-2 menit, yakni oligonukleotida primer menempel pada DNA cetakan yang komplementer dengan sekuen primer. Setelah dilakukan penempelan, suhu dinaikkan menjadi 72 0C selama 1,5 menit. Pada suhu ini, enzim DNA polimerase akan melakukan poses polimerasi, yakni rantai DNA yang baru akan membentuk jembatan hidrogen dengan DNA cetakan

Photo-0008 Photo-0012

Proses reaksi di dalam PCR dapat dilihat dalam video di bawah ini :